L’ÉPIDÉMIE DE CORONAVIRUS POURRAIT AVOIR COMMENCÉ DÈS SEPTEMBRE, ET PAS À WUHAN
Et si le nouveau coronavirus qui s'est propagé dans de nombreux pays du monde n'était pas apparu à Wuhan et bien avant le mois de décembre ? C'est la thèse très sérieuse développée par un groupe de scientifiques anglais dont les recherches sont encadrées par l'université de Cambridge.
Comme le rapporte le média South China Morning Post, les chercheurs ont étudié les origines du virus meurtrier en analysant de nombreuses souches présentes dans le monde entier. Il ont établi une fourchette de première vague de contaminations humaines entre le 13 septembre et le 7 décembre 2019.
Selon eux, le virus aurait pu muter sous sa forme finale des mois avant cette période encore. «Mais il est resté à l'intérieur d'une chauve-souris ou d'un autre animal ou même d'un humain pendant plusieurs mois sans infecter d'autres personnes», a précisé jeudi le généticien de l'Université de Cambridge, Peter Forster. Et c'est ensuite - entre le 13 septembre et le 7 décembre - que sa propagation parmi les humains aurait commencé.
Pour arriver à ces conclusions, l'équipe a analysé les souches à l'aide d'un réseau phylogénétique, un algorithme mathématique qui peut cartographier le mouvement global des organismes grâce à la mutation de leurs gènes.
UNE PREMIÈRE CONTAMINATION HUMAINE AU SUD DE WUHAN ?
Ils tentent toujours de localiser l'emplacement du patient zéro et espérent l'aide de scientifiques en Chine. Mais certains signes précoces les incitent à rechercher des zones au sud de Wuhan, où des infections à coronavirus ont été signalées pour la première fois en décembre. «Ce que nous reconstruisons dans le réseau est la première propagation significative parmi les humains», a déclaré Forster.
L’équipe de Cambridge a récemment fait la une des journaux internationaux avec un article sur l’histoire évolutive du virus. Publié dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) ce mois-ci, il a révélé que la plupart des souches échantillonnées aux États-Unis et en Australie étaient génétiquement plus proches d'un virus de la chauve-souris que les souches répandues chez les patients de toute l'Asie de l'Est. Quant au principal type du virus en Europe, il était un descendant de la variante d'Asie de l'Est. Mais ce document n'a examiné que les 160 premières souches collectées après la fin décembre. La petite taille de l'échantillon a limité la capacité des chercheurs à déterminer quand et où la première éclosion a réellement commencé.
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Dans leur nouvelle étude, qui n'a pas été évaluée par des pairs, Forster et ses collègues de plusieurs instituts, dont l'Institute of Forensic Genetics de Munster, en Allemagne, ont élargi la base de données pour inclure 1001 séquences de génome complet de haute qualité publiées par des scientifiques du monde entier. Or plus il y a de souches analysées, plus elles peuvent retracer avec précision l’origine de la propagation mondiale du virus.
UN VIRUS DÉCÉLÉ DANS LES EXCRÉMENTS DE CHAUVE-SOURIS DANS LA PROVINCE DU YUNNAN EN 2013
En comptant les mutations, ils pourraient se rapprocher de la découverte de la première infection d'un humain par une souche la plus proche du virus de la chauve-souris. Sars-CoV-2, le virus qui cause la maladie du Covid-19, provenait de chauves-souris. Il a en effet été découvert que la Sars-CoV-2 partage 96% de gènes identiques avec un coronavirus isolé par des scientifiques chinois à partir d'excréments de chauves-souris dans la province sud-ouest du Yunnan en 2013.
Mais il y a eu des centaines de mutations entre Sars-CoV-2 et celle du Yunnan et le coronavirus acquiert généralement une mutation par mois. Certains scientifiques suspectent donc le virus de s'être d'abord propagé tranquillement chez les animaux et les humains pendant des années pour évoluer progressivement vers une forme hautement adaptative qui pourrait infecter les humains.
LES RÉSEAUX PHYLOGÉNÉTIQUES, UNE MÉTHODE SCIENTIFIQUE LIMITÉE
La première épidémie pourrait résulter des dernières mutations qui ont créé le transformation d'une souche inoffensive à un pathogène mortel, selon l'équipe de Cambridge.
Su Bing, chercheur en génétique à l'Institut de zoologie de Kunming dans le Yunnan, a déclaré que les réseaux phylogénétiques étaient des outils fiables utilisés par les détectives des gènes depuis des décennies et qu'ils avaient trouvé des applications dans un large éventail de domaines, y compris le suivi des mouvements des humains préhistoriques. «Mais la méthode a ses limites», a-t-il nuancé. La précision de l'estimation du temps basée sur un réseau phylogénétique est affectée par la taille de l'échantillon et l'hypothèse de vitesse de mutation. Au cours d'une épidémie sans précédent, le virus pourrait subir des transformations dans des schémas imprévisibles. «Donc, cela ne peut pas être très précis - il y a toujours une marge d'erreur», a-t-il estimé. «Ce travail peut fournir des indices importants pour les futures enquêtes, mais les conclusions doivent être traitées avec prudence.»
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